Segundo informações da INFRAERO a distinção é a seguinte:

ESCALA: o avião aterrissa em uma ou mais cidades antes do destino final para abastecer, embarcar ou desembarcar outros passageiros, mas não há necessidade de troca de avião até o destino final.

CONEXÃO: o passageiro desembarca em uma cidade, que não é o seu destino final, e embarca em outro avião, para continuar o voo. Nesta condição, são chamados de passageiros em trânsito e devem seguir as orientações dos comissários de bordo e dos agentes aeroportuários, que indicarão o horário e portão de embarque do próximo voo.

Normalmente, a bagagem despachada é enviada diretamente ao destino final do passageiro, mas é recomendável informar-se no momento do check-in, se será preciso recolher a bagagem e despachá-la novamente no balcão da companhia no aeroporto de conexão.